Бу­дучи ро­ди­те­лем го­су­да­ря, до конца жизни офи­ци­аль­но был его со­пра­ви­те­лем. Ис­поль­зо­вал титул «Ве­ли­кий го­су­дарь» и со­вер­шен­но не­обыч­ное со­че­та­ние мо­на­ше­ско­го имени «Фи­ла­рет» с от­че­ством «Ни­ки­тич»; фак­ти­че­ски ру­ко­во­дил мос­ков­ской по­ли­ти­кой. Про­вел ре­фор­му управ­ле­ния пат­ри­ар­шим дво­ром. Фи­ла­рет стре­мил­ся устро­ить его по об­раз­цу го­су­да­ре­ва двора. Был со­здан новый класс пат­ри­ар­ших дво­рян и бо­яр­ских детей, по­лу­чав­ших за служ­бу по­мест­ные окла­ды.

До самой смер­ти пат­ри­арх Фи­ла­рет Ро­ма­нов был фак­ти­че­ским со­пра­ви­те­лем сво­е­го сына  — царя Ми­ха­и­ла Ро­ма­но­ва,  — участ­вуя в при­ня­тии по­ли­ти­че­ских ре­ше­ний в пе­ри­од его цар­ство­ва­ния.